Im Jahre 1096 wurde das Benediktinerkloster Isny gegründet. Im Laufe der nächsten Jahrhunderte vergrößerte sich das kirchliche und weltliche Herrschaftsgebiet des Klosters zunehmend. 1365 wurde die Stadt Isny zur freien Reichsstadt erhoben und trennte sich endgültig vom Kloster Isny. In den folgenden Jahren kam es immer wieder zu großen Spannungen mit dem Rat der Stadt, vor allem um die Besetzung der Pfarrerstelle an der Stadtpfarrkirche St. Nikolaus und über die Nutzung der Wasserrechte.
1525 schloss sich die freie Reichstadt der Reformation an. Die bisherige Pfarrkirche St. Nikolaus wurde evangelisch und wird seither Nikolaikirche genannt. Nach verschiedenen Wirren und Auseinandersetzungen wird 1546 die bisherige Abteikirche St. Georg nun auch Pfarrkirche der katholisch gebliebenen Untertanen der Klosterherrschaft. Die Kirchengemeinde erstreckte sich vom Kloster über die sogenannte Vorstadt und Viehweide bis zur Ortschaft Großholzleute am Fuß der Adelegg, sowie nördlich der Stadt bis nach Neutrauchburg.
1802 wird die Reichabtei Isny säkularisiert und fällt zusammen mit der ehemaligen Reichsstadt zuerst an den Reichgrafen Quadt-Wykradt, später dann an Württemberg. Das fürstliche Haus Quadt zu Wykradt und Isny hat bis heute noch das Patronatsrecht für die Gemeinde St. Georg inne. Seit 1803 können auch wieder Katholiken auf dem Gebiet der ehemaligen protestantischen Reichsstadt wohnen. Für diese wird nun auch die ehemalige Klosterkirche St. Georg wieder zur Pfarrkirche. In den Folgejahren kommt es zunehmend zu Spannungen zwischen den alteingesessen Katholiken der ehemaligen Klosterpfarrei und den "Stadtkatholiken".
1888 wird schließlich die zweite Stadtpfarrei St. Maria auf dem Gebiet der ehemaligen Reichsstadt errichtet. Diese Trennung wird mit der Weihe der Kirche St. Maria im Jahr 1903 endgültig vollzogen. Zur Kirchengemeinde St. Georg gehörten nunmehr wieder nur die alten Pfarrgebiete aus der Zeit des Klosters.
1981 schlossen sich die beiden Kirchengemeinden St. Georg mit Neutrauchburg und St. Maria zur Gesamtkirchengemeinde Isny und werden seit 1982 wieder von einem Pfarrer geleitet . Seit 1996 trägt die Kirchengemeinde St. Georg entsprechend dem 2. Kirchenpatron Jakobus den Titel St. Georg und Jakobus.